Pymol

PyMOL is a molecular graphics system with an embedded Python interpreter designed for real-time visualization and rapid generation of high-quality molecular graphics images and animations. It can also perform many other valuable tasks (such as editing PDB files) to assist you in your research.

       Dengan menggunakan aplikasi ini kita akan dengan mudah mengetahui bentuk molekul, Van der Walls radius, hingga mesh yang dimiliki  oleh suatu molekul.

Berikut cara mudahnya :

Pertama kita harus membuka aplikasinya, akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.

Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue → Alanine.

kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties →formal charge

jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius

untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol

pilih S-toolbar → dots

dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface

 

Get view dan kemudian Orient

Selamat Mencoba dan Terima Kasih :)